Der Botanische Garten Bern ist im Garteninventar der Stadt Bern als schützenswertes Gartendenkmal eingetragen. Seine besondere landschaftliche Lage am sonnigen Hang der auslaufenden Aare-Schlaufe ist einzigartig. Ebenfalls als schützenswert wird das historische Institutsgebäude von 1861 mit seinen vier vorgelagerten kleinen Schauhäusern von der städtischen Denkmalpflege gewertet und im Bauinventar aufgeführt.
Einen Hinweis auf den Botanische Garten Bern lässt sich auch im ISOS, dem Bundesinventar der schützenswerten Ortsbilder der Schweiz von nationaler Bedeutung, unter dem Inventareintrag der historischen Berner Altstadt finden.

Seit 1860 besteht der Botanische Garten Bern am aktuellen Standort im Quartier Rabbental-Altenberg-Quartier. Er ist hinsichtlich seiner Kontinuität der älteste botanische Garten der Schweiz. Die Konzeption und Planung des Gartens richtete sich ursprünglich nach den englischen Systemen, die Abwechslung und Natürlichkeit anstrebten. Die Freiflächen wurden im Sinne eines Landschaftsparks mit spielerisch geschwungenen Wegen gestaltet, die durch den Garten führten.
Zugleich musste der Garten, seinem Namen entsprechend, die Funktion eines botanischen Gartens erfüllen. Deshalb wurde nördlich des Institutsgebäudes ein Alpinum und am Südhang der Terrasse ein sogenanntes «Pflanzensystem» mit einer systematisch geordneten Sammlung perennierender Freilandpflanzen angelegt. Ein ausgedehnter Teich sowie ein Heilpflanzengarten ergänzten die botanische Gartenanlage, die in ein weites und vielfältiges «Arboretum» eingebettet wurde.

Wie für einen Garten und insbesondere einen Botanischen Garten typisch, ist dieser ständigen Veränderungen unterworfen. Neue Forschungsschwerpunkte und Systematiken legten neue Pflanzungskonzepte nahe. Dennoch sind im Botanischen Garten Bern viele ursprüngliche Gartenelemente konzeptionell erhalten oder ablesbar geblieben. So bildet etwa das Alpinum an seiner heutigen südlichen Lage seit 1905 einen zentralen Schwerpunkt. Wichtige Fixpunkte sind zudem das «Arboretum» mit einer Vielfalt an Gehölzarten aus Europa, Asien und Nordamerika und einer grösseren Anzahl von über 100-jährigen Bäumen sowie der Teich an zentraler Stelle im Garten.
Somit ist die Veränderungsgeschichte der Gesamtanlage weniger am Pflanzenbestand und den Grünbereichen abzulesen, sondern vielmehr am Baubestand und insbesondere an der nicht unbedingt vorteilhaften Vielfalt der vorhandenen Materialien, Elemente und Gestaltungsformen der Wegbefestigung, der Beleuchtung und der Ausstattungen im Allgemeinen. Dieser Befund verstärkt sich zudem mit den im Rahmen der gemachten Bestandsanalyse festgestellten, sehr unterschiedlichen Erhaltungszustände aller untersuchten Elemente.

Basierend auf Bestandsanalyse und Veränderungsgeschichte wurden für diverse Teilbereiche der Gesamtanlage vorhandene Schwächen bzw. Beeinträchtigungen sowie mögliche Potenziale eruiert und entsprechende Massnahmen für den nötigen Unterhalt vollstreckt als auch mögliche Aufwertungs- und Erneuerungsansätze formuliert.